10.05.2020 – Covid 19-Les statistiques
Les annonces en continu
d’informations diverses et variées sur le Covid 19 (Coronavirus) assorties,
à longueur de journée, de commentaires alambiqués d’éditorialistes de médias et
d’experts en nombre de spécialistes médicales, sont tout sauf informatives.
Nous y trouvons de tout et, le comble, est que d’une intervention à l’autre,
les conclusions et les projections sont, souvent, contradictoires.
Sur les réseaux sociaux, c’est une autre foire de tout et n’importe quoi. Entre la reproduction de fausses informations, dont des textes complotistes bien emballés, et les commentaires sur tous les aspects de la pandémie sur des tons désespérément doctes et ridiculement dogmatiques.
Cette malsaine cacophonie a exacerbé le caractère anxiogène du confinement imposé et fait de l’annonce/rapport quotidienne du Ministère de la Santé un moment/repère attendu par toutes et tous.
Or, les données sur le Covid 19 communiquées par les autorités sanitaires, partout dans le monde, sont certes, utiles, mais font l’objet de nombreuses observations sur leur contenu, leur mode d’élaboration et leur comparabilité. Exemples :
· Texte 01 : L’impossible calcul du taux de mortalité
· Texte 02 : Pourquoi le décompte des décès ?
· Texte 03 : Les sérieuses limites des statistiques quotidiennes
· Texte 04 : Les datas et le ministère de la Santé : une situation de plus en plus kafkaïenne
19.03.2020 - Covid-19 : l'impossible calcul du taux de mortalité
France Culture - Nicolas Martin et l'équipe de la Méthode Scientifique [1]
SCIENCES | Chaque matin, Nicolas Martin, producteur de la Méthode Scientifique, fait un point sur l'avancée de la recherche sur le Coronavirus. Il revient aujourd'hui sur les taux de mortalité et de létalité du virus et la difficulté de les calculer sans connaître précisément le taux réel de population infectée.
Je voudrais aborder aujourd'hui une question très sensible : celle du taux de mortalité. Une récente publication dans la revue The Lancet, qui est la plus prestigieuse revue scientifique médicale – et donc à prendre très au sérieux, en date du 12 mars, revoyait considérablement à la hausse le taux de létalité, le fixant à 5,6% pour la Chine et jusqu'à 15,2% pour le reste du monde, là où l'estimation de l'Organisation Mondiale de la Santé est de 3,4% au niveau mondial.
Pourquoi une telle différence, et pourquoi une hausse aussi dramatique dans cette nouvelle publication ?
En fait, tous ces chiffres posent problème sans exception et sont très loin de la réalité, et voilà pourquoi.
Dans un premier temps, il faut redéfinir ce qu'est le taux de létalité, à ne pas confondre avec le taux de mortalité, qui est le nombre de morts rapporté à l'ensemble d'une population, d'un pays ou du monde. Le taux de létalité est le nombre de morts rapporté au nombre de personnes infectées.
Et c'est là le premier problème. Aujourd'hui, ce nombre de personnes réellement infectées, on ne le connaît pas. On recense les gens qui sont déclarés positifs au SARS-CoV 2, mais d'une part, tous les malades ne sont pas diagnostiqués. Aujourd'hui par exemple en France, les médecins ne demandent un test qu'en cas d'infection sérieuse, à l'hôpital. Et ce dépistage dépend de la politique de chaque pays. Par exemple, en Corée du Sud, où un dépistage massif a été fait, le taux de létalité chute à 0,7% à l'échelle du pays.
Ensuite, pour connaître l'intégralité de la population infectée, il faudrait prendre en compte l'ensemble des personnes contaminées mais avec peu ou pas de symptômes. Et plus l'on avance dans l'épidémie, plus ce nombre paraît important. Une prépublication sur le site MedrXiv évoque 50% de cas asymptomatiques.
Un cas intéressant est celui du bateau Diamond Princess qui a été mis sous quarantaine dès la découverte d'un premier cas et qui permet d'avoir une forme d'aperçu de l'évolution de la maladie sur une population fermée. Sur le Diamond Princess, sur les 3 711 passagers et membres d'équipage, 634 personnes ont été testées positives. Sur ces 634 cas, 51,7% étaient asymptomatiques, ce qui rejoint le taux de la prépublication. En appliquant un modèle statistique, les auteurs estiment qu'une proportion de ces cas allaient finir par développer des symptômes tardifs et aboutissent à une estimation de 17,9%, soit près d’une personne sur 5 qui serait réellement et totalement asymptomatique.
Revenons à la question du taux de létalité. Selon les données de ce même Diamond Princess, le taux de létalité par cas – ceux qui ont déclaré la maladie - serait de 2,3% et le taux de létalité d'infection – ceux qui ont contracté le virus mais sans forcément déclarer la maladie – soit le taux de létalité général, celui qu'on retiendra in fine, serait de 1,2%
Comment expliquer alors cette publication de The Lancet et ces chiffres autrement plus importants ?
Tout d'abord, il faut préciser qu'il ne s'agit pas d'une étude scientifique à proprement parler – donc revue et corrigée par des pairs – mais d'une « conversation », c'est à dire d'un article informel pour alerter la communauté. Cela n'a absolument pas la même validité.
Ensuite, les auteurs ont en fait voulu prendre en compte une période d'incubation du virus plus longue, de 14 jours, en estimant que celle de 10 jours retenue par l'OMS (rappelons que la moyenne est de 5) n'était pas suffisante. Ainsi, pour obtenir leurs résultats, ils ont pris le nombre de morts d'un jour donné, mais pour le diviser par le nombre de cas déclarés 14 jours auparavant, ce qui de fait, diminue le dénominateur, et augmente considérablement le résultat.
D'une part, les auteurs estiment eux-mêmes que ces taux ne sont pas représentatifs des taux réels, qu'ils produisent ces calculs pour « alerter la communauté scientifique ». Nous avons interrogé Fabrice Carrat, médecin à l'hôpital Saint Antoine et épidémiologiste à l'Inserm, et Pierre-Yves Goëlle, professeur d'épidémiologie à Sorbonne Universités. Tous deux disent que ces calculs sont totalement irréalistes. Que cette discussion a pour but de mettre en garde contre le nombre de cas asymptomatiques pris en compte dans les calculs mais que la méthode est éminemment critiquable.
Pour connaître le taux de létalité réel, comparé au nombre de personnes qui auront été infectées par le SARS-CoV 2, il va falloir attendre longtemps, pour pouvoir prendre en compte toutes les personnes qui vont au bout de la maladie – de l'infection jusqu'à la guérison, ou la mort - et y inclure la totalité des personnes infectées y compris les asymptomatiques. Et donc, inévitablement, le taux va réduire et se stabiliser, quelque part autour de 1%. Entre 0,5 et 0,9% selon un modèle de l'Imperial College de Londres. Ce qui, prenons-en conscience, à l'échelle d'une population, reste un chiffre très important.
Une dernière question subsiste. Dans l'état actuel des choses, avec les taux de létalité par cas recensés, pourquoi constate-t-on de tels écarts entre pays ?
En France, il est actuellement de 2,67% alors qu'en Italie, il est de 8,33% et en Allemagne, de 0,22%.
Cela tient à plusieurs choses : déjà, comme dit tout à l'heure, à la politique de dépistage : moins on dépiste de cas, plus le taux de létalité par cas est élevé. Ensuite, cela tient aussi à l'âge moyen de la population, plus une population est âgée, plus le nombre de cas sérieux est important, et plus le taux est élevé. Cela tient aussi bien sûr à l'offre de soins. Plus elle est importante, mieux elle est organisée, plus le taux diminue. Et enfin, il ne faut pas oublier que pendant ce pic épidémique, il y a une surmortalité générée par la saturation des services d'urgence, et l'impossibilité de soigner correctement tous les cas qui se présentent, ce qui fait, évidemment, augmenter le taux.
D'où les mesures de confinement strict, qui ont, je vous le rappelle, comme objectif premier « d’aplatir la courbe », c'est à dire de retarder et d'étaler au mieux l'arrivée de patients en cas graves aux urgences. Et donc in fine d'éviter de saturer les services et d'augmenter le nombre de morts évitables, et donc le taux de létalité.
A lire aussi : Les 10 questions que vous vous posez sur le coronavirus
31.03.2020 - Covid 19-INED Pourquoi le décompte des décès ?
INED - France Meslé et Jean-Marie Robine[2]
France Meslé, Directrice de recherche à l’Ined et de
Jean-Marie Robine, Conseiller auprès de
la direction de l’Ined en charge des questions de vieillissement, Directeur de
recherche émérite
à l’Inserm - CERMES3 (Paris) - MMDN "biologie du vieillissement"
(Montpellier) et Directeur d’étude à l’EPHE répondent à nos questions sur la
crise du COVID-19
Par quels organismes et selon quelles procédures connaît-on habituellement le nombre de décès par cause en France et comment l’évolution du nombre de décès liés au Covid-19 est-elle établie quotidiennement ?
France Meslé : En France, en routine, les statistiques de décès proviennent de deux sources : l’Insee et l’Inserm. Lorsqu’une personne décède, le médecin remplit le certificat médical de décès qui est remis à la mairie de la commune où est survenu le décès[3]. Ce certificat comprend deux volets : un volet administratif qui contient les informations d’état civil et sont envoyées par la mairie à l’Insee, et un volet médical, scellé par le médecin certificateur, sur lequel celui-ci mentionne l’ensemble des affections ayant contribué au décès, et qui est transmis à l’Inserm via l’Agence régionale de santé (ARS). Le circuit complet prend entre 3 semaines et 4 mois. Lorsque la certification médicale est transmise par voie électronique (moins de 20 % des décès, se produisant essentiellement en milieu hospitalier), le circuit est beaucoup plus rapide et les données peuvent être analysées par l’Inserm en temps réel. A partir de ces données, l’Insee produit chaque année des données sur la mortalité par sexe, par âge et par lieu du décès, diffusées environ 9 mois après la fin de l’année. Exceptionnellement, l’Insee a décidé de diffuser par ailleurs chaque semaine le nombre de décès quotidien enregistré dans chaque département, afin de contribuer à la mise à disposition de données pendant l’épidémie de Covid-19. L’Inserm quant à lui produit la statistique des décès par cause, après un codage automatique des affections figurant sur le certificat médical. Ces données ne sont généralement disponibles que deux ou trois années plus tard.
Dans le contexte actuel de pandémie, Santé Publique France, en charge de la surveillance sanitaire et en lien direct avec les hôpitaux, a mis en place un système propre de recueil des décès survenant en milieu hospitalier : chaque jour les établissements hospitaliers font remonter les décès dus au COVID-19, par âge et sexe. Ces données sont donc incomplètes puisque les décès à domicile et en Ehpad ne sont pas répertoriés.
France / Source : https://www.data.gouv.fr/fr/reuses/statistiques-sur-la-pandemie-de-coronavirus-covid-19-rapportees-au-nombre-dhabitants-par-pays/
Pourquoi est-il important de se concentrer sur le nombre de décès plutôt que sur les cas déclarés positifs au COVID-19 ?
Jean-Marie Robine : La mise au point de tests permettant de détecter les cas de contamination par le COVID-19 est encore très récente. Selon la technique de dépistage utilisée, la fiabilité des résultats n’est pas totalement garantie et tous les pays ne sont pas pourvus de ces tests en quantité suffisante. A cela s’ajoute des stratégies de dépistage très variées selon les pays : certains ont choisi de dépister toute leur population, d’autres ne cherchent à détecter que les cas suspects présentant peu de symptômes, d’autres enfin ne font passer les tests qu’aux personnels soignants et aux personnes présentant des symptômes sévères. Ces différences de stratégie expliquent par exemple qu’il y ait beaucoup moins de cas déclarés en France, où le nombre de personnes testées au COVID-19 est assez faible, qu’en Allemagne, où les tests ont été généralisés.
En l’absence d’une harmonisation des politiques de dépistage, s’intéresser aux cas déclarés n’apporterait aucune indication utile à la bonne compréhension du phénomène de propagation du virus, voire même pourrait donner lieu à des erreurs d’interprétation lors de comparaisons entre pays, particulièrement lorsque l’on s’intéresse au taux de létalité du virus, c’est-à-dire à sa capacité à entraîner la mort. Étudier la mortalité permet au contraire de disposer d’un indicateur moins biaisé : l’observation et la comparaison du nombre de décès liés au COVID-19 révèlent ainsi que l’épidémie suit la même logique en Allemagne qu’en France, en Italie et en Espagne.
Ces statistiques de décès sont-elles exhaustives, suffisamment détaillées et comparables ?
J-M. R. : Malheureusement, non. Les données sur la mortalité ne sont pas exhaustives pour plusieurs raisons : tout d’abord parce que le mode et le délai de transmission des bulletins de décès ne sont pas les mêmes d’un pays à l’autre. Ensuite parce que selon les pays ces données ne couvrent pas forcément l’ensemble des décès dus au COVID-19.
F. M. : Absolument. En France, les décès recensés actuellement ne concernent que ceux survenus en milieu hospitalier. Ne sont donc pas comptabilisés ceux qui se sont produits à domicile et dans des Ephad. Or, selon les données 2018 diffusées par l’Insee en octobre dernier, 53 % des décès enregistrés surviennent en établissements de santé (hôpital ou clinique), 24 % à domicile, 13 % en établissements pour personnes âgées et 1 % dans des lieux ou voies publics (le lieu de décès n’est pas précisé dans 9 % des bulletins de décès). S’il est possible d’imaginer qu’en raison de la dangerosité du virus les cas sévères survenant à domicile sont pour la plupart pris en charge par les hôpitaux (et donc identifiés en cas de décès), nous savons que ceux détectés dans les Ehpad sont traités en interne, sans recours à l’hospitalisation. Le nombre des décès est sans doute loin d’y être négligeable.
Comment s’organise votre travail de recherche dans ce contexte d’urgence épidémique ?
J-M. R. : Les chercheurs sont habitués à travailler à distance : ils interviennent régulièrement dans des colloques en province ou à l’étranger, partent travailler pendant quelques mois dans des centres de recherche internationaux, collaborent avec d’autres chercheurs à travers le monde… Le confinement n’est donc pas un obstacle à la poursuite de notre activité de recherche. Nous sommes connectés depuis notre domicile à toutes les grandes bases de données en ligne ainsi qu’aux grandes bibliothèques. Seules les collectes de données d’enquêtes sur le terrain sont suspendues.
La communauté scientifique des démographes s’est très vite mobilisée pour mieux connaître le COVID-19 ainsi que ses différents impacts sur les populations et leur organisation ainsi que sur la mortalité liée au virus, en France et dans le monde. Cette période, libérée de certaines activités administratives ou d’enseignement, peut même constituer une opportunité pour se consacrer à de nouveaux travaux en lien avec le coronavirus.
Quelle en sera l’utilité à court et moyen terme pour la connaissance des épidémies et de leur prévention ?
F. M. : La démographie, dont l’analyse des dynamiques de la mortalité est une composante essentielle, dispose des outils nécessaires à une évaluation rigoureuse de la qualité et de la comparabilité de toutes les données disponibles sur les décès liés au COVID-19, préalable indispensable à une analyse précise des tendances et à leur projection.
C’est la raison pour laquelle les chercheurs et ingénieurs de l’Ined travaillent intensément depuis plusieurs jours afin de créer un site internet qui centralise, harmonise et analyse des données fiables et qualifiées par sexe, tranche d’âge et lieu du décès. Ce site mis en ligne par l’institut propose pour le moment des données concernant les décès enregistrés en France, en Italie et en Espagne, mais nous espérons élargir à d’autres pays rapidement. Le travail des démographes va ainsi offrir une meilleure compréhension du développement de la pandémie et permettra une mise en relation de son évolution avec les différentes mesures mises en œuvre par les politiques publiques des pays étudiés.
La COVID-19 : Québec, les sérieuses limites des statistiques quotidiennes
01.05.2020 - Jana Havrankova, endocrinologue à la retraite, et Michel Duplessis, neurologue[4]
Tous les jours, M. Legault (ou son
représentant) présente à la population les statistiques les plus récentes : le
nombre de cas confirmés de COVID-19, de personnes guéries, de décès, de
patients hospitalisés et de ceux aux soins intensifs. Y a-t-il de l’espoir
que l’on nous donne enfin un portrait plus exact de la COVID-19 ? Bien
entendu, le nombre de personnes déclarées positives dépendra du nombre de
tests pratiqués. Cela a été mentionné, mais ne serait-il pas possible
d’exprimer le nombre de cas confirmés en pourcentage des tests effectués
ce jour-là ? De quelle façon comptabilise-t-on les personnes guéries ?
Est-ce que ce sont les personnes qui ont été malades et qui ne le sont plus,
qui ont été testées pour le coronavirus
et qui ont été déclarées négatives ? A-t-on utilisé des réactifs précieux
pour la confirmation de l’absence du virus ou se fit-on à l’état clinique ? Les
décès rapportés sont-ils tous dus à la COVID-19 ou sont-ils survenus chez
des personnes qui étaient infectées par le coronavirus ? Les décès dus à
l’influenza, par exemple, semblent avoir disparu, alors que l’on en
compte environ 300 par année selon l’Association pulmonaire du Québec. Les
causes de décès sont plus faciles à établir à l’hôpital, chez un patient
positif au coronavirus présentant le syndrome clinique correspondant.
Qu’en est-il dans les CHSLD ?
Quelle est la proportion des personnes décédées de la COVID-19 et quelle
part est attribuable aux maladies sous-jacentes et, horriblement, au
manque de soins de base comme
l’alimentation et l’hydratation ? Le nombre de personnes qui demeurent
hospitalisées sera influencé par la possibilité de les retourner dans leur
milieu naturel une fois qu’elles seront guéries. Comme des patients en
provenance des résidences pour personnes âgées ne peuvent pas y retourner, ce
qui est tout à fait justifié, le nombre de personnes hospitalisées ne
reflète pas nécessairement la gravité de la COVID-19. Il n’y a que le nombre de
patients aux soins intensifs qui, je crois, est incontestablement
attribuable à la COVID-19. Il serait tout de même intéressant de savoir
combien de ces patients ont besoin d’un respirateur, une machine dont on a tant
eu peur de manquer. Je comprends que le gouvernement en a plein les bras, mais
la Santé publique ainsi que les CISSS et les CIUSSS pourraient aider les
politiciens à raffiner leurs présentations au public.
Covid 19-Maroc, Les datas et le ministère de la Santé : une situation de plus en plus kafkaïenne
07.05.2020 – Rédaction Médias24[5]
Le ministère de la Santé a ajouté une difficulté supplémentaire à la lecture des chiffres qu'il publie chaque jour. Récit d'une situation de plus en plus kafkaïenne. Jugez-en.
Depuis le mercredi 6 mai à 16H, le ministère de la santé ne publie plus la répartition régionale en nombre de cas pour chaque région, mais en pourcentage des cas cumulés.
Ci-dessous, la publication du 6 mai :
Les journalistes ont une longue expérience des difficultés posées par les sources officielles et essaient toujours de tirer le maximum d'informations à partir des données généralement maigres qui sont mises à leur disposition.
Notre rédaction a donc décidé de reconstituer le nombre de cas par région, selon une formule simple, dans Excel. Malheureusement, nous obtenons un décalage entre les chiffres déduits de ces pourcentages et ceux publiés par les directions régionales.
Voici le tableau :
Nous nous adressons donc, publiquement, au ministère de la Santé, en espérant que ses responsables nous lisent plus qu'ils ne nous entendent : nous savons que vous êtes sous pression. Prenez une pause ou faites-vous aider pour concevoir des modèles simples à communiquer chaque jour. Gardez les chiffres de chaque région en valeur absolue. N'importe qui est capable de générer les pourcentages. Si vous tenez aux pourcentages, maintenez quand même une colonne pour les chiffres en valeur absolue.
Sur des webinars, par ci par là, nous découvrons lors d'interventions de responsables du ministère, une évolution du R0 officiel. Communiquez-le officiellement, chaque jour et indiquez la marge d'erreur. Dites-nous comment il est calculé et qui le calcule. Sur des webinars également, nous découvrons des répartitions par âge, par sexe, une répartition des signes cliniques... Publiez-les, cela renforcerait la confiance.
Publiez les cas actifs par province chaque jour. Veillez à ce que chaque direction régionale publie chaque jour, régulièrement, ses données. Enrichissez les données que vous publiez. Et merci d'avance.
[1] https://www.franceculture.fr/emissions/radiographies-du-coronavirus/limpossible-calcul-du-taux-de-mortalite
[2] https://www.ined.fr/fr/tout-savoir-population/memos-demo/paroles-chercheurs/france-mesle-jean-marie-robine/
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